Il protagonista di Assassin's Creed II è un nobile fiorentino antenato di Desmond Miles e discendente di Altair, di nome Ezio Auditore. L'avventura inizierà nell'anno 1486 che corrisponderà all'epoca del rinascimento e oltre ad essere dotato di due lame, il "nuovo Altair" non si è sottoposto al rito del taglio delle dita per permettere la fuoriuscita delle lame dai pugni, quindi le userà in maniera diversa da Altair....